سازمان امور مالیاتی کشور با صدور بخشنامه شماره ۳۹۹۸۹ مورخ ۵ شهریور ۱۴۰۳، جزئیات مهمی را درباره نحوه رسیدگی به اعتراض مودیان نسبت به برگ تشخیص‌های صادره بر اساس اظهارنامه برآوردی (موضوع ماده ۹۷ قانون مالیات‌های مستقیم) برای عملکرد سال ۱۳۹۸ و سال‌های پس از آن شفاف‌سازی کرد. این بخشنامه گام مهمی در جهت کاهش ابهامات دادرسی مالیاتی و تسهیل فرایند رسیدگی به شکایات مودیان محسوب می‌شود.

بر اساس این دستورالعمل جدید، مودیانی که برگ تشخیص مالیاتی آن‌ها به صورت قانونی ابلاغ شده اما در مهلت مقرر اعتراضی ثبت نکرده‌اند، اعتراضشان با استناد به تبصره ماده ۲۳۹ در حکم اعتراض تلقی خواهد شد. پرونده این مودیان بدون در نظر گرفتن تسلیم یا عدم تسلیم اظهارنامه، جهت رسیدگی مستقیم به هیأت حل اختلاف مالیاتی ارجاع داده می‌شود.

همچنین، مودیانی که مایل به اعتراض به برگ تشخیص مالیات برآوردی خود هستند، موظف‌اند حداکثر ظرف مدت ۳۰ روز از تاریخ ابلاغ، نسبت به تسلیم اظهارنامه مالیاتی خود اقدام کنند. این اقدام جهت فراهم شدن امکان توافق در اجرای ماده ۲۳۸ قانون مالیات‌های مستقیم یا ارجاع پرونده به مراجع دادرسی مالیاتی الزامی است.

با این حال، سازمان امور مالیاتی استثنائاتی را نیز برای مودیان در نظر گرفته است. چنانچه در برگ تشخیص صادرشده، برآوردی بودن مالیات به طور صریح قید نشده باشد یا به دلیل بروز اختلالات و اشکالات سیستمی امکان ارسال اظهارنامه وجود نداشته باشد، اعتراض مودی بدون نیاز به شرط تسلیم اظهارنامه مجدد، قابل رسیدگی و بررسی خواهد بود.

در نهایت، وضعیت مودیان غیرفعال نیز در این بخشنامه مشخص شده است. اگر مودی مدعی غیرفعال بودن فعالیت اقتصادی خود در سال مالی مربوطه باشد، رسیدگی به اعتراض مالیاتی او منوط به تسلیم اظهارنامه برآوردی نبوده و مراجع ذی‌صلاح موظف به بررسی مستندات عدم فعالیت وی هستند.